กรมเจ้าท่า โดยสำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ ได้ดำเนินการกำจัดผักตบชวาและวัชพืช ภายใต้การบูรณาการกับหน่วยงานต่างๆ และการกำกับของคณะกรรมการอำนวยการบูรณาการ เพื่อแก้ไขปัญหาผักตบชวา ในการบรรเทาความเดือดร้อนของประชาชน และเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำ เพื่อป้องกันการเกิดน้ำท่วมขังช่วงฤดูฝน โดยกรมเจ้าท่ารับผิดชอบดำเนินการในแม่น้ำสายหลักท้ายเขื่อนเจ้าพระยา จังหวัดชัยนาท และท้ายเขื่อนพระราม 6 จังหวัดสระบุรี ได้แก่ แม่น้ำเจ้าพระยา ระยะทาง 160 กิโลเมตร แม่น้ำป่าสัก ระยะทาง 50 กิโลเมตร แม่น้ำน้อย ระยะทาง 42 กิโลเมตร แม่น้ำลพบุรี ระยะทาง 67 กิโลเมตร และเหนือเขื่อนแม่น้ำเจ้าพระยา แม่น้ำสะแกกรัง ระยะทาง 20 กิโลเมตร แม่น้ำท่าจีนสายเก่า ระยะทาง 10 กิโลเมตร และคลองสาขารวมระยะประมาณ 400 กิโลเมตร โดยในปีงบประมาณ พ.ศ.2566 กรมเจ้าท่าได้รับงบประมาณในการกำจัดผักตบชวาจำนวน 658,000 ตัน
ปัจจุบัน กรมเจ้าท่าได้ส่งเรือกำจัดผักตบชวาและวัชพืชแบบสายพานลำเลียง จำนวน 8 ลำ และชุดรถแบ็คโฮ 1 ชุด ดำเนินการกำจัดผักตบชวาในแม่น้ำเจ้าพระยา ช่วงตำบลโคกช้าง ตำบลบางไทร อำเภอบางไทร คลองสาขาแม่น้ำน้อย ตำบลบ้านโพธิ์ อำเภอเสนา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา และแม่น้ำลพบุรี ช่วงตำบลสวนพริก อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา แม่น้ำเจ้าพระยา ช่วงบึงหาดกองสิน อำเภอเมืองชัยนาท จังหวัดชัยนาท และคลองป่าแสก ตำบลสวนแตง อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี คิดเป็นผลงานสะสม ณ 8 มิถุนายน 2566 รวม 450,954 ตัน คิดเป็นผลงานร้อยละ 68.53 เร็วกว่าแผน 6.08 % และคาดว่าจะสามารถดำเนินการให้แล้วเสร็จตามแผนงานได้ภายในเดือนกันยายน 2566
